עיסוק בתחום חומרים מסוכנים  מחייב פיקוח ע"י מספר גורמים :
1.משרד התמ"ת- שאחראי על כך שהעיסוק יהיה בטיחותי לעובדים בעסק שתחומי העיסוק שלו הינם חומרים מסוכנים. 
2. משרד התחבורה- שאחראי על שינוע חומרים מסוכנים בכבישי ישראל.
3. המשרד להגנת הסביבה- שמטפל בהיתרי רעלים. (היתר רעלים דרגה A , היתר רעלים דרגה B, היתר רעלים דרגה C). המשרד להגנת הסביבה מחולק למחוזות ויש לפנות למחוז הרלוונטי באזור בו נמצא העסק.
סעיף 6 לחוק חומרים מסוכנים מספק את אבני היסוד למחסן רעלים: " רעלים יאוחסנו תחת מנעול ובריח ויישמרו בנפרד מחומרים לא רעילים , על המיכלים וצרורות המכילים רעילים יותוו ברורות שמו של החומר והמילה רעל בעברית, בערבית ובאנגלית".
נושא האחסון מטופל על ידי המשרד להגנת הסביבה במסגרת היתרי הרעלים, שירותי הכבאות בהיבט בטיחות האש, פיקוד העורף  כחלק מהיערכות לשעת חירום , והרשות המקומית בה ממוקם הנכס- במסגרת רישוי עסקים. 
כאשר מקימים מחסן חומרים מסוכנים וכחלק מתפעול מחסן זה יש להתייחס להוראות החוק הרלוונטיות:
1. תקנות הבטיחות בעבודה (גיליון בטיחות סיווג ואריזה, תיווי וסימון של אריזות), התשס"ט- 2009.
2. חוק חומרים מסוכנים , התשנ"ח- 1998.
3. תקנות חומרים מסוכנים (סיווג ופטור) התשנ"ו- 1996.
4. תקנות רישוי עסקים (הוראות כלליות), התשנ"ג- 1993.
5. צו רישוי עסקים (מפעלים מסוכנים) עסקים טעוני רישוי), התשנ"ה -1995.
בהתאם להוראות החוק, לנהלים המחייבים המופיעים בהיתר הרעלים שניתן מהמשרד להגנת הסביבה וכחלק  מעבודה שוטפת במחסן חומרים מסוכנים, חייבים לשים לב להוראות MSDS וגיליון בטיחות. את ההוראות הרלוונטיות לכל חומר וחומר, יש לשמור בקרבת מקום האחסון, שיהיה נגיש וידוע לצוות החירום במחסן. כל חומר מסוכן שמתקבל במחסן המיועד לחומרים מסוכנים, חייב להתקבל עם מסמך MSDS שיכיל את פרטי החומר, לדוג': קבוצת הסיכון של החומר, מס' האו"ם של החומר, את תנאי האחסון של החומר ואת הוראות ההתנהלות במקרה של אירוע חומרים מסוכנים במחסן.

היתר רעלים:
על פי חוק החומרים המסוכנים, התשנ"ג-1993, לא יעסוק אדם ברעלים אלא אם יש בידו היתר רעלים מאת הממונה על ידי השר להגנת הסביבה. היתר הרעלים ניתן לאחר בדיקת אנשי המקצוע, ביקור במפעל, בחינת הסיכונים וההערכות למניעתם כמו גם קביעת דרישות ותנאים לטיפול בהם בשגרה ובחירום. רעל הוא כל חומר מן החומרים המפורטים בתוספת השנייה לחוק, בין בצורתו הפשוטה ובין אם הוא מעורב או ממוזג בחומרים אחרים.
קיימים שלושה סוגי היתר רעלים:
היתר רעלים שרמת הסיכום שלו מסוג D, תוקף ההיתר פחות משנה.
היתר רעלים שרמת הסיכון שלו מסוג A,תוקף ההיתר הוא לשנה.
היתר רעלים שרמת הסיכון שלו מסוג B,תוקף ההיתר הוא לשנתיים.
היתר רעלים שרמת הסיכון שלו מסוג C,תוקף ההיתר הוא לשלוש שנים.
טרם קבלת היתר הרעלים, נדרש בעל ההיתר להציג מסמכים אשר יוכיחו כי היינו עומד בתנאי החוק לעיסוק בחומרים מסוכנים.  דוג' לחלק מהמסמכים הנדרשים-נוהל חירום שבוצע בעסק, תיק מפעל של העסק, פירוט לגבי צוות חירום של העסק , ארונות בטיחות תקינים של העסק וכן נהלים וטפסים נוספים בהתאם לדין ולרגולטור הרלוונטי.  חידוש היתר הרעלים הינו בהתאם לדרגתו של ההיתר.